Ханская мечеть расположена в 300 м к западу от мавзолея Ходжа Ахмеда Ясави. Координаты: 43.2968824, 068.2660215. Она считалась местом намаза казахских ханов, их родных, приближённых, слуг и гостей. Помимо основной Джами мечети, предназначенной для махаллинских жителей, на её уличной стороне находились отдельные помещения и двор для намаза высокопоставленных лиц — так называемая «Мақсура». Здесь имелись собственный михраб и отдельный имам, а также личная тахаратхана (место для омовений). Ханы и их приближённые входили в мечеть через специальные ворота, ведущие от ханской орды, и совершали здесь пятиразовые молитвы.
В ходе археологических исследований были выявлены и изучены мечеть, прилегающая улица, помещение для отопления, двухкомнатное жилое строение, двор и тахаратхана (место для омовения). В 2015 г. комплекс был полностью восстановлен.
Теперь обратимся к краткому обзору древнейших мечетей Туркестана. Самая ранняя мечеть Ясы (XII в.) располагалась на месте современной Джума мечети. Здесь находился дом Ахмеда Ясави с семьёй, а после его кончины ученики превратили его в «мечеть суфиев». В отличие от обычных мечетей, михраб этой мечети был украшен изображениями гранатовых кустов с плодами и райских соловьёв, выполненными синей краской. Письменных надписей не было, но михраб имелся и во дворе.
Остатками второй древнейшей мечети считалась ниша (глубокий проём), перед входом в усыпальницу Хазрета в помещение «Қабірхана». Это была средняя часть мечети XII в., которая занимала пространство между двумя коридорами мавзолея (12–14 м). Само помещение Казандық служило двором мечети, в центре которого находился колодец, расположенный под казаном и сохранившийся до наших дней. В 1997 г. колодец был раскопан, из него извлекли гипсовые плитки, которыми украшались стены мавзолея, и другие находки. Однако при глубине 7,5 м раскопки пришлось прекратить из-за подъёма грунтовых вод. Впоследствии над колодцем возвели помещение, где и установили казан.
Кылует, Малый Кылует, Шилдехана и Кумчик ата не считались мечетями — это были места для проведения суфийских ритуалов. Мечеть Жаудир ана была построена одновременно с мавзолеем Хазрет Султана (XV в.), её возвёл человек по имени Аджи Ахмет. Кроме того, в 1500–1510 гг. в Туркестане хан Мухаммед Шайбани также построил мечеть. Бухарский хан Абдулла II (из династии Шайбанидов) возвёл мечеть в 1583–1598 гг. Кокандский хан Худояр (1845–1875) построил мечеть близ мавзолея Альхожа ата, известную как Ханская мечеть. Кроме этих, напротив мечети Жаудир располагалась так называемая «Голубая мечеть». В районе Тогана действовали мечети Сейитмурат, Калмет, Жабагы и Амир-палуан. В районе Культобе располагались Базарная мечеть и Культобе мечеть. У ворот Жети ата находилась мечеть Баб Араб.
Согласно труду А. И. Добромыслова, в городе и его окрестностях насчитывалось: в 1864 г. — 20 мечетей; в 1896 г. — 41 мечеть; в 1920-е годы — более 60 мечетей.